Plataforma de transcriptómica Espacial para Aplicaciones Biomédicas
LINEA DE ACTUACIÓN 4: DESARROLLO DE MODELOS BIOLÓGICOS PARA CRIBADO Y ESTUDIO DE LA ACTIVIDAD DE MOLÉCULAS TERAPÉUTICAS
Línea de actuación complementaria: LA2. Implementación y análisis de bases de datos en medicina de precisión.
Palabras clave: transcriptómica espacial; medicina de precisión; bioinformática; muestras biológicas; genómica de célula individual.
Coordina: Instituto de Parasitología y Biomedicina «López – Neyra»; Consejo Superior de Investigaciones Científicas.
Participa: Instituto Maimónides de investigación Biomédica de Córdoba; Universidad de Granada;
Persona de contacto: Dra. Fuencisla Matesanz del Barrio y Dra. Alicia Barroso del Jesus (direccion.ipbln@csic.es/abarroso@ipb.csic.es)
Los procesos patológicos ocurren en contextos tisulares complejos en los que las interacciones celulares, la influencia del microambiente que rodea las células, y la infiltración y distribución de células inmunes, entre otros factores, juegan papeles protagonistas en la aparición de las alteraciones, la progresión de la enfermedad y la respuesta a los tratamientos. Esto es especialmente trascendente en patologías como el cáncer, enfermedades neurodegenerativas o enfermedades complejas autoinmunes. La transcriptómica espacial (spatial transcriptomics, ST) proporciona información del perfil transcripcional de las células asociada a su localización bidimensional en el tejido. Es por ello que la ST aporta un nuevo estrato de información molecular fundamental en la investigación biomédica y en su traslación a la clínica. Actualmente, existen tres tecnologías principales que permiten abordar este tipo de estudios: GeoMx®/nCounter® (Nanostring), Visium® (10x Genomics) y Stereo-seq® (MGI) cada una con sus fortalezas y debilidades. De entre ellas, GeoMx®/nCounter® presenta tres características exclusivas que la convierten en la tecnología de elección para este proyecto dado su marcado carácter clínico y traslacional: permite trabajar sobre cualquier muestra parafinada; permite al investigador o profesional de la salud seleccionar zonas específicas del tejido, basándose en las tinciones o marcadores de enfermedad y por último, permite el análisis de un grupo reducido de genes de las zonas específicas del tejido (frente al transcriptoma completo). La combinación de la Single-Cell Sequencing» (Secuenciación de Células Individuales) y la ST constituye una poderosa herramienta para relacionar los fenómenos patológicos de los tejidos humanos y las alteraciones moleculares constituyendo una de las bases presentes y futuras en las que ha de sustentarse la medicina de precisión.
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