EPIGECU

Implementación de tecnologías de accesibilidad de la cromatina a nivel de célula única en estrategias de medicina personalizada

Las técnicas clásicas de anatomía patológica usadas rutinariamente en la clínica se basan en las diferentes morfologías y características de tinción de los diferentes tipos celulares y tejidos, y en el uso de anticuerpos contra determinados marcadores. Sin embargo, las recientes técnicas de análisis del transcriptoma y del epigenoma a nivel de célula única sugieren que la cantidad de tipos celulares existentes es muy superior a la previamente identificada por técnicas clásicas. Las tecnologías OMICAS de célula única constituyen un cambio de paradigma para aproximarse a la comprensión del funcionamiento de las diferentes escalas organizativas que constituyen un ser vivo, desde la escala celular a la de órgano. La aplicación de estas tecnologías a la clínica está en sus comienzos, pero tiene un incuestionable futuro especialmente en algunas áreas clínicas donde comprender la heterogeneidad de la población celular es esencial. Un ejemplo paradigmático es la oncología donde la heterogeneidad genética y epigenética de las células tumorales origina desde comportamientos metastáticos a resistencias a tratamientos. La tecnología denominada ATAC-seq de célula única (scATAC-seq) permite el conocimiento de las regiones accesibles del genoma, que en su mayoría son las regiones reguladoras: promotores, potenciadores y aisladores. Estos elementos son específicos del tipo celular y cambian según el grado de diferenciación celular, así como por efecto de rutas de señalización. Conocer el repertorio de elementos reguladores accesibles de una célula es tanto como conocer sus potencialidades y características, y es complementario a conocer su transcriptoma y su proteoma. El objetivo general de este proyecto es implementar metodologías de scATAC-seq en muestras de origen clínico o modelos derivados de ellas. Como prueba de concepto usaremos xenoinjertos derivados de pacientes, un modelo de gran interés para dilucidar nuevos tratamientos y biomarcadores en oncología. Los resultados se pondrán en común y se compararán con los de otros subproyectos que usen diferentes tecnologías de célula única.