{"id":12124,"date":"2024-05-07T09:00:00","date_gmt":"2024-05-07T09:00:00","guid":{"rendered":"https:\/\/planescomplementariossalud.es\/?p=12124"},"modified":"2024-05-07T09:00:12","modified_gmt":"2024-05-07T09:00:12","slug":"proyecto-datos-cat-integracion-y-analisis-de-bases-de-datos-biomedicos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/planescomplementariossalud.es\/ca\/proyecto-datos-cat-integracion-y-analisis-de-bases-de-datos-biomedicos\/","title":{"rendered":"Proyecto DATOS-CAT: integraci\u00f3n y an\u00e1lisis de bases de datos biom\u00e9dicos"},"content":{"rendered":"\n

La acci\u00f3n colaborativa DATOS-CAT tiene como objetivo potenciar la visibilidad y el impacto cient\u00edfico de las cohortes de base poblacional creadas en Catalu\u00f1a. Adem\u00e1s, busca enriquecer los procedimientos utilizados en estas cohortes, promoviendo su aplicabilidad en otros contextos similares. Para lograrlo, se enfoca en mejorar la interoperabilidad de los datos, facilitando as\u00ed su explotaci\u00f3n y uso en investigaciones cient\u00edficas.<\/strong><\/p>\n\n\n\n

\n
\n
\"\"<\/figure>\n<\/div>\n<\/div>\n\n\n\n

En el contexto de la medicina personalizada y de precisi\u00f3n, la recogida de datos a largo plazo permite a los investigadores seguir la evoluci\u00f3n de las enfermedades a lo largo del tiempo, identificar patrones de riesgo ambiental y gen\u00e9tico, y evaluar el impacto de diferentes estrategias de tratamiento. Sin embargo, no existe actualmente un sistema estandarizado que permita a los investigadores y entidades hospitalarias recolectar, almacenar y compartir sus datos de forma sencilla, segura y que permita una interoperabilidad entre ellos.<\/p>\n\n\n\n

Dentro de ese contexto nace el proyecto DATOS-CAT<\/strong><\/a>, una acci\u00f3n colaborativa que pretende aumentar la visibilidad y el impacto cient\u00edfico de la cohorte poblacional GCAT,  proyecto estrat\u00e9gico del Instituto de Investigaci\u00f3n Germans Trias i Pujol (IGTP) GCAT|Genomes for life<\/a> y de su subcohorte focalizada en la COVID-19, COVICAT-CONTENT. Adem\u00e1s, pretende contribuir al desarrollo de procedimientos aplicables a otras cohortes, mejorando el nivel de interoperabilidad de sus datos en el contexto del ecosistema de datos de los principios FAIR (del ingl\u00e9s F<\/u>indable, A<\/u>ccessible, I<\/u>nteroperable, R<\/u>eusable<\/em>) para facilitar su explotaci\u00f3n y uso cient\u00edfico. Concretamente, el proyecto se centrar\u00e1 en la base de datos poblacional catalana que desde 2012 hace un seguimiento exhaustivo a cerca de 20.000 personas de las que se recogen datos cl\u00ednicos, de estilo de vida y ambientales  entre otros, , y de los que se ha generado una base de datos gen\u00e9ticos poblacional.<\/p>\n\n\n\n

DATOS-CAT es un ambicioso proyecto del Plan Complementario de Biotecnolog\u00eda Aplicada a la Salud que cuenta con la colaboraci\u00f3n de 6 entidades de Catalu\u00f1a: Barcelona Supercomputing Center \u2013 Centro Nacional de Supercomputaci\u00f3n (BSC-CNS) como coordinadora cient\u00edfica, Centro de Regulaci\u00f3n Gen\u00f3mica (CRG), Centro Nacional de An\u00e1lisis Gen\u00f3mico (CNAG), Instituto de Investigaci\u00f3n Germans Trias i Pujol (IGTP), Hospital Cl\u00ednic de Barcelona, y el Instituto de Salud Global de Barcelona (ISGlobal), centro impulsado por la Fundaci\u00f3n \u201cla Caixa\u201d.<\/p>\n\n\n\n

Cada una de ellas contribuye con su experiencia y recursos \u00fanicos, por lo que el hecho de trabajar juntas puede considerarse un \u00e9xito en s\u00ed mismo. En este sentido, el BSC contribuye con la experiencia alrededor de la estandarizaci\u00f3n de los datos a Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP), el CRG con su experiencia con el repositorio de datos EGA, CNAG con su experiencia en la integraci\u00f3n y an\u00e1lisis de datos fenocl\u00ednicos y gen\u00f3micos, IGTP con su conocimiento de los datos de la cohorte, Hospital Cl\u00ednic con el desarrollo de Ontobridge e ISGlobal con el desarrollo de las herramientas relacionadas con DataSHIELD. El \u00e9xito alcanzado hasta el momento en el proyecto DATOS-CAT ha sido el resultado de una colaboraci\u00f3n s\u00f3lida y coordinada entre todas las entidades participantes.<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Avances del proyecto DATOS-CAT<\/strong><\/p>\n\n\n\n

El proyecto DATOS-CAT ha alcanzado con \u00e9xito su hito intermedio al desarrollar y publicar las herramientas necesarias para la caracterizaci\u00f3n y estandarizaci\u00f3n de los datos. As\u00ed, se ha completado la implementaci\u00f3n de un conjunto de software que incluye tres grandes grupos: (i) Implementaci\u00f3n de un cat\u00e1logo de datos, (ii) Transformaci\u00f3n de datos y (iii) otras herramientas de desarrollo.<\/p>\n\n\n\n

Este hito representa avances significativos tanto para el proyecto en s\u00ed como para la situaci\u00f3n actual de la cohorte GCAT. La finalizaci\u00f3n del primer prototipo de software proporciona una base s\u00f3lida para el desarrollo continuo del proyecto DATOS-CAT, permitiendo la implementaci\u00f3n de herramientas y sistemas para catalogar datos, estandarizarlos a un modelo de datos com\u00fan y facilitar el an\u00e1lisis federado. Esta herramienta es un componente fundamental que facilita la transferencia de datos y la interoperabilidad entre sistemas, contribuyendo as\u00ed a la consolidaci\u00f3n de la base de datos de la poblaci\u00f3n catalana.<\/p>\n\n\n\n

Estas herramientas se han publicado de manera abierta con licencias libres en https:\/\/github.com\/DATOS-CAT.<\/strong> En este repositorio se pueden encontrar las herramientas utilizadas para la catalogaci\u00f3n. La plataforma seleccionada para esta catalogaci\u00f3n ha sido MICA. Adem\u00e1s, se han desarrollado otras dos herramientas que tambi\u00e9n han sido publicadas en el repositorio<\/strong>, y que permiten un an\u00e1lisis federado de los datos preservando su privacidad a trav\u00e9s de dos mecanismos altamente reconocidos por la comunidad cient\u00edfica como Beacon (https:\/\/beacon-project.io\/) y Datashield (https:\/\/www.datashield.org\/).<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Tambi\u00e9n encontramos las herramientas para la transformaci\u00f3n de los datos al modelo com\u00fan de datos OMOP (Observational Medical Outcomes Partnership) que impulsado por OHDSI (Observational Health Data Sciences and Informatics), se sit\u00faa entre los modelos sem\u00e1nticamente interoperables para persistencia y explotaci\u00f3n en usos secundarios en registros longitudinales de datos de salud m\u00e1s utilizados del mundo.<\/p>\n\n\n\n

Dentro de los tres grupos mencionados anteriormente, destaca el paquete dsOMOP, construido desde ISGlobal, y Ontobridge, una herramienta desarrollada por el Hospital Cl\u00ednic que aborda el problema de la transformaci\u00f3n de los datos de una manera novedosa utilizando tecnolog\u00edas sem\u00e1nticas y enfoques m\u00e1s tradicionales. OntoBridge es una herramienta flexible y escalable que provee un flujo de trabajo integrado y simplificado para la adopci\u00f3n de modelos comunes de datos (CDMs) como OMOP. Su arquitectura basada en ontolog\u00edas permite reutilizar los esfuerzos realizados, de forma a consolidar distintas fuentes de datos, as\u00ed como convertir a diferentes CDMs, sea un proceso m\u00e1s sencillo y reaprovechable. A diferencia de las herramientas existentes en el mercado y en la literatura cient\u00edfica, no se centra en una \u00fanica parte del proceso ni en un CDM espec\u00edfico, lo cual supone un avance significativo en el panorama actual de uso secundario de los datos biom\u00e9dicos. Las mejoras realizadas sobre OntoBridge y su publicaci\u00f3n en un repositorio abierto agilizar\u00e1n y optimizar\u00e1n la conversi\u00f3n de datos basados en modelos locales hacia OMOP. Esto facilitar\u00e1 el cumplimiento de los objetivos del proyecto, al evitar procesos complejos y repetitivos de ETL que requieran m\u00faltiples herramientas.<\/p>\n\n\n\n

Pr\u00f3ximos pasos<\/strong><\/p>\n\n\n\n

El objetivo general de DATOS-CAT es contribuir al desarrollo de procedimientos aplicables a otras cohortes, mejorando el nivel de interoperabilidad de sus datos en el contexto del ecosistema europeo de datos biom\u00e9dicos<\/strong>. En ese sentido, las siguientes etapas hasta su consecuci\u00f3n consisten precisamente en que cada instituci\u00f3n utilice las herramientas desarrolladas para la estandarizaci\u00f3n de los datos al modelo com\u00fan propuesto y las publique utilizando los mecanismos de federaci\u00f3n comentados, entre otros.<\/p>\n\n\n\n

Al final del proyecto se pretende poner a disposici\u00f3n de los investigadores de Catalu\u00f1a, y del resto del mundo, una herramienta \u00fanica para dar respuesta a las preguntas relacionadas con nuestra salud y el tratamiento de la enfermedad, permitiendo entender mejor los riesgos gen\u00e9ticos y ambientales relacionados con las enfermedades. Una vez los datos est\u00e9n accesibles de manera general, a partir de mediados del 2025, se podr\u00e1n ver los primeros resultados de la explotaci\u00f3n de los mismos de manera casi inmediata.<\/p>\n\n\n\n

\n
<\/div>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

La acci\u00f3n colaborativa DATOS-CAT tiene como objetivo potenciar la visibilidad y el impacto cient\u00edfico de las cohortes de base poblacional creadas en Catalu\u00f1a. Adem\u00e1s, busca enriquecer los procedimientos utilizados en estas cohortes, promoviendo su aplicabilidad en otros contextos similares. Para lograrlo, se enfoca en mejorar la interoperabilidad de los datos, facilitando as\u00ed su explotaci\u00f3n y …<\/p>\n

Proyecto DATOS-CAT: integraci\u00f3n y an\u00e1lisis de bases de datos biom\u00e9dicos<\/span> Llegeix m\u00e9s »<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":15,"featured_media":12118,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"site-sidebar-layout":"default","site-content-layout":"","ast-site-content-layout":"default","site-content-style":"default","site-sidebar-style":"default","ast-global-header-display":"","ast-banner-title-visibility":"","ast-main-header-display":"","ast-hfb-above-header-display":"","ast-hfb-below-header-display":"","ast-hfb-mobile-header-display":"","site-post-title":"","ast-breadcrumbs-content":"","ast-featured-img":"","footer-sml-layout":"","theme-transparent-header-meta":"","adv-header-id-meta":"","stick-header-meta":"","header-above-stick-meta":"","header-main-stick-meta":"","header-below-stick-meta":"","astra-migrate-meta-layouts":"","ast-page-background-enabled":"default","ast-page-background-meta":{"desktop":{"background-color":"var(--ast-global-color-4)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-gradient":""},"tablet":{"background-color":"","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-gradient":""},"mobile":{"background-color":"","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-gradient":""}},"ast-content-background-meta":{"desktop":{"background-color":"var(--ast-global-color-5)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-gradient":""},"tablet":{"background-color":"var(--ast-global-color-5)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-gradient":""},"mobile":{"background-color":"var(--ast-global-color-5)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-gradient":""}},"footnotes":""},"categories":[75],"tags":[161,196,133],"class_list":["post-12124","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-actualidad-ca","tag-analisis-de-datos-ca","tag-catalunya-ca","tag-proyecto-colaborativo-ca"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/planescomplementariossalud.es\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/12124","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/planescomplementariossalud.es\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/planescomplementariossalud.es\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/planescomplementariossalud.es\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/users\/15"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/planescomplementariossalud.es\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=12124"}],"version-history":[{"count":4,"href":"https:\/\/planescomplementariossalud.es\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/12124\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":12178,"href":"https:\/\/planescomplementariossalud.es\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/12124\/revisions\/12178"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/planescomplementariossalud.es\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media\/12118"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/planescomplementariossalud.es\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=12124"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/planescomplementariossalud.es\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=12124"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/planescomplementariossalud.es\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=12124"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}